Czeizel Endre 1935. április 3-án született Budapesten.
Az Áldás utcai, majd a Fenyvesi úti elemi iskolában kezdte tanulmányait, majd a nyolcosztályos cisztercita gimnáziumban tanult tovább. A gimnázium államosítása után a Keleti Károly utcai II. Rákóczi Ferenc iskolába helyezték át. A gimnáziumba először, mint kapitalista származásút nem akarták felvenni, végül a „Jó tanulási érdemérme” miatt mégis gimnazista lett.
A középiskolában kezdett el futballozni a Vasasban. Tizennyolc éves korában tagja volt annak a csapatnak, amelyik megnyerte az ifibajnokságot. A Ferencváros elleni döntőben Czeizel két gólt rúgott. 1953-ban kitűnőre érettségizett, s bár eredetileg történész akart lenni, apja javaslatára orvosnak akart továbbtanulni. Semmelweis Orvostudományi Egyetemre azonban családi háttere miatt nem jelentkezhetett, és csak sportkapcsolatai révén vették fel végül. Az egyetem első évében a sport fontosabb volt számára a tanulásnál, de egy hepatitiszfertőzés után mája maradandó károsodást szenvedett, nem volt elég állóképessége végig futni a mérkőzéseket, ezért le kellett mondania arról az álmáról, hogy válogatott lehessen.
Az erős versenyszellemű, tehetséges Czeizel onnantól arra koncentrált, hogy kiváló orvos legyen. Országos tanulmányi versenyeket nyert és már harmadéves korától demonstrátorként oktatott az egyetem Anatómiai Intézetében. Ekkor kezdte kutatásait is, első tudományos cikkei a női nemi szervek nyirokrendszeréről német nyelvű folyóiratokban is megjelentek.